该寺为南宋德佑元年（1275）伊斯兰教创始人穆罕默德第十六世裔孙阿拉伯人普哈丁来扬州传教时募款所建。与杭州凤凰寺、广州怀圣寺、泉州麒麟寺齐名，并称我国四大清真寺院。此寺融合了伊斯兰建筑和我国古代建筑的风格特点。在兴建此清真寺时就按鹤的形体从“嘴”到“尾”布局。