九段沙湿地自然保护区北以长江口深水航道南导堤中线为界，东以-6m线为界，南以长江南槽航道北线为界，西(江亚南沙)以-6m线为界。自然保护区总面积为423.2km2。其中以丰富的资源而著称。九段沙湿地介于长江与东海的交汇处，不仅能沉积滞留江水、海水的挟带物，有效吸附排入东海污水中的营养物质，减少东海海域赤潮的发生，而且，对抵御盐水侵蚀、净化水质、保护海岸线作用巨大，是上海乃至长三角地区的重要生态屏障。 九段沙湿地优良的自然条件，为多种生物提供了优越的生活、生长环境。芦苇、海三棱藨草等湿地植物茂盛。青蟹、黄泥螺、蛏子等底栖动物生物量巨大。每年冬春之交，大量的鳗鲡幼苗在九段沙水域索饵、越冬，中华绒螯蟹在此产卵、育肥。九段沙湿地还是鸟类迁徙的重要中途停歇地和越冬地，有白头鹤和遗鸥2种国家一级保护鸟类，黑脸皮鹭、小天鹅等15种国家二级保护鸟类，是东亚——澳大利西亚鸻鹬鸟类保护网络的重要成员之一。