十三碑亭院是孔庙的第六进院落。十三碑亭始建于唐代,元代添建二座,清代添建九座,亭内存有唐至民国碑刻50余块,碑文多是皇帝对孔子追谥加封、拜庙新祭、派官致祭和整修庙宇的记录，由汉文、八思巴文(元代蒙古文)、满文等文字刻写。  碑碣为真草隶篆，风格各异，可谓集历代书法流派之大成。