辉河自然保护区处于大兴安岭山地森林向呼伦贝尔草原的过度带和草甸草原向典型草原的过渡带，集森林、草原、湿地于一体，具有低山丘陵、高平原、沙地、河谷等多种类型组合的地貌，使保护区呈现为类型多样、独特、结构复杂的自然生态系统。 湿地是辉河自然保护区的主体，保护区同时具有河流型、湖泊型、沼泽型三种湿地，以大面积组合分布为特点。保护区境内的湿地对维护区域生态平衡发挥着重要作用，并且是众多珍稀濒危鸟类生息繁衍的理想环境。保护区内的沙地樟子松林是欧亚大陆东部草原生态区范围内，在我国分布的较珍贵的一块森林资源，总面积121.58 平方公里，处于大兴安岭山地森林向呼伦贝尔草原的过度带上，成为森林生物群落和草原生物群落镶嵌分布的生态交错区，表现出高度的景观异质性。