元上都博物馆馆舍建筑始建于2007年4月，于2008年4月竣工，2008年7月对外开放。博物馆位于正蓝旗上都镇东西景观轴，东与正蓝旗人民政府和忽必烈广场相邻，南接元上都夏宫大酒店，北临纳.赛音朝克图文化中心，西侧为正在新建的蒙元文化产业园。 馆舍建筑东西约69米，南北宽约32米，地下一层，地上一层，高约6.9米（局部），总建筑面积2230平方米，其中地下室365平方米。建筑功能分为展厅、文物库、业务工作室、办公用房等，基本具备文物收藏、展览、研究、教育、交流及行政办公等综合服务功能，目前有5个展厅。