藏经殿在钟楼东南侧，建于清顺治十六年，内存自宋朝以来历代皇帝御赐的各种经书，加上本寺刻印的经书共20346册,放在十二个大橱内；其中有清康熙到乾隆年间御赐的经书《明朝南藏》、《明朝北藏》、《清朝梵本》、《书本藏》、《日本叙藏》 以及御笔《药师经》等几千部。 其中引人注目的是17世纪鼓山住持道霈和尚著作《大方广佛华严经疏论纂要》，共有120卷，分装48册，雕版2425块，这是清康熙年间有代表性的佛学著作，为稀世珍宝。涌泉寺从宋代起就刻经、印经；清康熙间，成了全国出版经书的重要场所。至今，寺内还保存历代佛经雕版11375块，堪称一座佛经的宝库。