武夷山自然保护区位于武夷山脉北段的较高部位，平均海拔1200米。主峰黄岗山海拔2158米，为中国大陆东南部至高峰。武夷山自然保护区以山貌雄伟和生物多样性而闻名于世，保护对象为珍贵的野生动植物资源。 区内山峦重叠，群山林立，其间多为北北东向和北西向的断谷所分割，形成高山深谷地貌。组成山岭的岩石主要是南园组火山岩和燕山早期的花岗岩。