深沪湾自然保护区以保护已有7000多年历史的海底古森林遗迹为核心，还包括海湾内的牡蛎礁和海岸自然地质地貌、名胜古迹、防风林带以及石圳海岸海蚀变质岩自然剖面。已发现24株古树桩，其中22株在中潮区、2株在低潮区。较大的树桩面直径达100厘米，较小的为30厘米。树桩露出滩面1—30厘米，时有些被沙淹没，据地震仪测定，古树桩埋藏部分的长度可能为20—25米。 保护区不但具有重大的科学价值，而且还是旅游胜地。保护区气候条件优越，名胜古迹甚多，在其周围有清朝率兵统一台湾名将”施琅博物馆”，有在闽台一带名闻遐尔供奉妈祖娘娘的“深林寺”、“镇海官”、“百公庙”、“崇真殿”、“宝泉庵”，有壁山栈道、烟墩山峰火台、狮峰石刻等。