南麂岛地处亚热带，海洋的自然环境条件优越，特色鲜明。1990年9月经国务院批准列为我国首批五个国家海洋类型自然保护区之一，1998年12月又成为我国目前惟一纳入联合国教科文组织世界生物圈保护区网络的海洋类型自然保护区。它是一个以保护海洋生物多样性为目标、以海洋贝藻类及其生态环境为主要对象的特定海洋生态系统保护区。 南麂列岛位于浙江省东南部海面，隶属平阳县，整个列岛由大小52个（面积大于500平方米）岛屿组成，海岸线总长75km，陆域面积11.13km2。南麂列岛长期受海浪和潮汐的侵蚀和冲击，基岩裸露，且多呈陡崖峭壁。列岛岸线曲折，岬角丛生，海湾众多。地貌形态则以海蚀地貌为主，海积地貌不甚发育。南麂列岛远离大陆，海水清澈，含沙量低，海域底质以粉砂质粘土为主，海底地形自西向东南下倾，水深一般在15m-25m之间，南麂岛东北和西南两侧为深水通道，其水深在30m以上，较深处达45m。 南麂岛为主岛，位于列岛中央，其地理坐标为27°27′N，121°05′E，西至大陆较近的点45km。该岛呈东南——西北走向，全长约5.3km，东西较宽处3.3km，较窄处仅150m；面积为7.64km2，至高点海拔229m,岸线长24.8km，有大沙岙、火炬岙和马祖岙、国姓岙4个海湾，分置于东南和西北两个方向，以致南麂岛形似奔麂状而得名。