传说本庙的初始是在郑成功来台时，就已经从湄洲奉妈祖香火前来，至公元1737年开始修建今屏东火车站前的阿猴妈祖慈凤宫。 民国33年（日据台湾时期），屏东地区曾遭受盟军空袭，据闻，屏东市区四处起火，居民纷纷走避慈凤宫内，虽然慈凤宫内也有落弹，却未有爆炸起火发生。此后，高屏地区的信众更加相信这是天上圣母保佑，至今香火鼎盛，是高屏地区妈祖信仰的中心。每年农历三月二十三日天后宝诞日，广布全台的信徒涌入，为屏东地方的盛事。