位于山南雅砻河东岸的贡布日山南麓，距乃东县二公里许。藏语中，昌是鹰、鹞的意思，珠是龙的意思。相传此地在建寺前有一恶龙，被松赞干布化身为大鹏降伏后才得以建寺，故得名。据说莲花生和米拉日巴等藏传佛教史上有名的人物都曾在昌珠寺周围修行，仍存的修行地遗址是佛教信徒朝拜的圣地。相传7世纪时由吐蕃赞普松赞干布主持建造。后又经帕莫主巴大司徒绝曲坚参改建扩建。据说文成公主曾在该寺驻足修行，留有遗物。 帕竹政权时期，昌珠寺进行过大规模的维修和扩建。昌珠寺在其晚期归属格鲁派。昌珠寺大殿下层布局和形式与拉萨大昭寺大殿相仿。寺内原保存有大量古代壁画和松赞干布、文成公主、尼泊尔尺尊公主及大臣禄东赞等人塑像，造型古朴生动。达赖五世修茸时并加盖金顶。达赖十三世亦曾维修。寺内还保存有8世纪末叶由汉僧任清（大宝）监督铸造的吊钟一口，钟上镌刻藏文铭文12句，分内外两层，每层6句，自左向右排列。现钟已无存，寺又重建，殿堂修饰一新。昌珠寺的珍珠唐卡为镇寺之宝，所画的是坚期木尼额松像（观世音菩萨憩息图）。此寺为西藏著名寺院，1961年被列为全国重点文物保护单位。