大天后宫原为「明宁靖王府邸」，施琅攻台后即进驻宁靖王府，后来因得知康熙帝对其有「恃功骄纵」之评语，恐惹来杀身之祸，便撤出王府，并托言攻台时得到妈祖庇护，奏请康熙帝将王府改建为「大天妃宫」，以示不居功之意。康熙廿三年，妈祖晋升为「天后」，大天妃宫随即易名为大天后宫，是台湾妈祖庙中较早称「天后」的。