日本同步辐射研究院（Japan Synchrotron Radiation Research Institute）是日本一家负责研究世界上最强大的第三代同步辐射装置，开展材料科学，地球科学，生命科学和医学的研究机构。
日本物理和化学研究所（RIKEN）是日本最大的综合性研究机构，负责多元化高质量科学领域研究。今天，它是世界级的研究中心和机构网络。
日本科学技术振兴机构（Japan Science and Technology Agency）是日本一家负责开发新技术，发展工业，促进区域研究活动，促进科学交流的机构。
日本果树科学研究所（National Institute of Fruit Tree Science,Japan）负责研究日本育种和新品种，收集和引进果树，分析和提高水果生产，培训农民未来果树计划。
日本地貌和地质网（Landforms and geology of Japan）介绍： 日本俯冲带 地貌和地质 海底地形 日本列岛形成历史 火山 区域划分（阅读内容）
日本地球之友（International Environmental NGO FoE Japan）是日本一家处理全球性环境问题的环保组织，总部位于东京。
日本电子导航研究所（Electronic N*igation Research Institute，ENRI）是日本专门负责研究航空电子研究技术，如电子导航，空中交通控制，卫星导航的唯一机构。
日本公共工程研究所（Public Works Research Institute，PWRI）是日本一家进行工程研究和开发，技术支持和在民用工程技术领域推广研究成果的机构。
日本国土交通省国土技术政策综合研究所（National Institute for Land and Infrastructure Management，MLIT）是负责日本基础设施和国家土地保护的研究所。
日本海外职业训练协会（Overseas Vocational Training Association）是一家促进和加强企业国际化和人力资源开发的组织，它在1982年成立。
