台南市民族文物馆隶属于台南市民政局，并附属于台南市延平郡王祠内。文物馆的前身为“台湾史料馆”，创始于1932年4月1日，馆址设在安平古堡，保存早期的台南乡土资料和历史文物。 1937年迁移至赤坎楼，以文昌阁为*展室，陈列史前、荷据、明郑等时代的文物资料；以南海神庙为第二展室，专门陈列清代史迹之物。1963年易名“台南市民族文物馆”。1965年，各界民众集资修建延平王祠时，为纪念郑成功的丰功伟绩，决定将民族文物馆迁入。1975年，台南市政府为举办观光年，大量搜集先民遗留的文物史料，充实陈列内容，并将原有陈列室扩建成四室。