慈云禅寺﹐原名慈云庵﹐始建于明万历四十三年（公元1615年）。清顺治十五年（1656）﹐清世祖福临召当时的武康名僧玉琳进京﹐对之“慰劳优渥”﹐送居万善殿﹐不时前往“临访道要”﹐“恨相见之晚﹐特赐号大觉禅师。”后又晋封“大觉普济能仁国师”﹐名闻一时。康熙十四年（1675）﹐已近垂暮之年的玉琳国师只身云游﹐挂单于淮安府（今淮阴）慈云寺﹐八月十日说偈跌坐而逝﹐为佛法作了一次布施﹐以自己的肉身来兴隆此一方道场。他是历史上作为国师身份的僧人成就肉身的唯一。雍正十三年（1735）﹐清世宗以清江浦慈云庵为大觉圆寂之所﹐诏拨淮关银照大丛林式兴建﹐置香火地﹐命内务大臣﹑淮关监督年希尧督建此寺﹐钦赐《慈云禅寺》匾额﹐改庵为寺﹐至乾隆四年（1739）大功告成。民国七年（1918）﹐慈云寺大雄宝殿毁于火。寺庙从此日渐颓败。六十年代﹐被市五金公司挪用为库房。院内仅存天王殿﹑藏经殿﹑国师殿及部份罗汉堂。1986年﹐江苏省人民政府批复同意慈云寺修复开放列为省重点寺庙之一。