大门岛以烟墩山为较高，海拔391.8米，也是洞头列岛至高峰；海拔在200米以上还有牛头尖山、头岩岗山、白肚担山、高支山、虎门汪山、龟岩山、十二盘顶山、当中岗山背山弯、小荆山、园来岗头山、温州岗背山、乌岩背山、高云头山、三岗头山、高阁山头等。 山势走向成为朝向西南的半环形，环的两侧分布一些低谷；东侧枫树坑，西侧杨梅田。大门岛有山地面积24.29平方公里，平地面积4.41平方公里，滩涂面积3.28平方公里。其中林地面积1443.47公顷；耕地面积870.5公顷（水田98.24公顷、旱耕地749.17公顷、菜地3.15公顷）；园地36.81公顷；居民及矿用地205.47公顷；交通用地27.55公顷；水域面积126.97公顷；未利用土地158.63公顷。