西元1999年9月21日清晨1时47分所发生的九二一集集大地震，是近百年来台湾伤亡损失惨重的天灾之一，灾后政府开始投入地震相关研究计画，经济部中央地质调查所委托国立台湾大学地质科学系陈文山教授主持车笼埔断层古地震研究，为此研究团队在2002年11月间于南投竹山地区进行调查。 本园区由国立自然科学博物馆负责工程兴建及营运服务，藉由科博馆人类学组自行槽沟挖掘，使世界级的断层槽沟重现世人眼前，并于102年5月1日正式开馆，与邻近的凤凰谷鸟园生态园区、921地震教育园区共同组成完整的地质与自然生态园区。