南湖自然保护区位于甘肃省敦煌市西南70公里的南湖乡境内，东经94度06分-94度09分，北纬39度51分-39度55分之间，面积11.06平方公里。区内地势平坦，海拔1100-1297米，属暖温带干旱性气候，年平均温度9.3摄氏度，年均降水量36.8毫米，天然植被以超旱生灌木状植物为主。主要保护对象为鸟类及湿地生态系统。已知有兽类20种，鸟类76种，属国家重点保护的有黄羊及黑鹳、大天鹅、鸢、红隼等。