天后宫又称妈祖庙、圣母庙。鹿耳门的旧妈祖庙在清朝就已经被洪水冲毁，但是庙里的遗迹与遗物在显宫里、土城两地都有被发现，所以两处的圣母庙都自称是正统鹿耳门妈祖庙的延续。里面供奉的妈祖像雕塑的庄重、脱俗，有八狮椅、九龙神体，专家认为其神像材质是大陆稀有的萱芝材料，有800年的历史。 鹿耳门天后宫隔着鹿耳门溪与土城圣母庙相对，可由正门俯瞰鹿耳门溪的出海口，整体架构也显得更庄严雄伟。此外这里也常举办民俗活动。 飞檐重重、巍峨壮丽，以石雕、木雕闻名。