位于马公镇东郊，是清代以前澎湖唯一的学府。1766年（清乾隆三十一年）冬，贡生许应元在此提倡儒学，选育人才，并募款兴修学府，取名为“文石书院”。书院里原陈列图书史册极多，堂中祀奉文昌帝像以及朱熹、程颢、程颐、周敦颐、张载等五位宋代理学大师。当时书院担负着兴盛儒学的重任，是澎湖文化的发源地。 中法战争时，书院被法军付之一炬。日据日期，这里改祀孔子，成为孔庙。目前建于文石书院遗址上的孔庙，是60年代修造的。前为大成殿及圣祠，后为文昌祠，右侧是古老的登瀛楼，为文石书院遗迹，门庭秀雅，颇有书香气息。登楼凭栏远眺，可见澎湖湾碧波万顷，白浪滔滔。附近还有记载着书院建立和整个澎湖列岛开发历史的石碑两块，极具研究价值。