澎湖水族馆位于白沙岛东隅，占地约2.5公顷建筑面积四千六百于平方公尺，是一座两层楼建筑，规划瞬间容量可达500人，展示的水族则为以水族馆所在地白沙乡为中心，半径800公里内之台湾海峡及南中国南海中的各式生物为主。 从大门入馆，游客在一楼可依序参观沿岸展示区、珊瑚礁展示区、大洋展示区。二楼则设有水产研究展示区、专题展示水槽、视听中心，还有一座触摸池。在户外，尚有一座凉亭式的瞭望台，可以眺望无垠的大海、白沙、潮间带，以及隔海相对的员贝岛和中突岛。澎湖群岛方圆200海浬内的生态缩影，一座寓教于乐且功能完善的水族馆。