位于澎湖县立文化中心附近，为清朝时代文石书院之所在地，建于清乾隆32年，是当时澎湖唯一的学校，因为采用澎湖当地特产的文石所砌成，故称为文石书院，后经光绪11年中法战争的破坏，日据时代整修后改祀孔子，1962年重建，即成今之孔庙。 今仅存登瀛楼为文石书院遗构，其门墙、窗棂、檐角都极其精致；古色古香极富中国传统气息，登楼展望极佳。孔庙无管理人员编制，平时并不开放，只有在每年教师节祭孔大典上，孔庙才开放供人参观。